膽總管結石的癥狀主要是結石堵塞膽管而引起的疼痛、黃疸、發熱等。部分膽管結石較小，未完全堵塞膽囊管，患者也可以保持一段時間內無癥狀，或者由于膽汁排出不暢而引起的上腹部隱痛、消化不良、厭油膩、腹脹等。若結石完全堵塞膽管，患者就會出現明顯的腹部疼痛，伴隨有膽汁反流引起的皮膚、鞏膜黃染。

如果膽管結石合并有細菌感染，患者會出現發熱，可能會合并寒戰，更嚴重的會導致感染中毒性休克，患者會出現血壓下降、四肢皮膚濕冷、少尿、神志淡漠等。影像學檢查除了可以看到膽管有強回聲或高密度的病灶外，還可以發現膽管的擴張。若患者出現膽管結石，但長時間不進行治療，除容易出現急性化膿性梗阻性膽管炎外，患者也會出現膽汁淤積性肝病，甚至導致肝硬化，長期的膽管結石也有可能會增加膽管腫瘤的風險。